Dr. Cain: É um cientista ambicioso que após descobrir Mega Man X tratou de criar réplicas baseadas no seu projeto, sem tomar os devidos cuidados e assim surgiram  os “Reployds” conhecidos como Mavericks que se voltaram contra ele e querem destruir toda a vida humana da face da Terra. Dr. Cain ativou sua primeira criação Sigma para combater os revoltosos mas após um estranho evento Sigma acabou se tornando um Maverick para o desespero de Cain. Após o ataque de Sigma, o Dr. Cain ativou Zero como novo líder dos Maverick – Hunters e mandou Mega Man X na caça dos revoltosos, sabendo que eles seriam a única esperança da humanidade...