Mega Man X1: Robôs assassinos liderados pôr Sigma atacam a humanidade em diversos pontos do mundo e apenas os Maverick – Hunters  Mega Man X e Zero podem salvar a humanidade da destruição. Quando X e Zero invadiram a fortaleza de Sigma, houve um violento conflito contra o terrível Maverick Vile. Neste confronto Zero é capturado pôr Vile, e assim X tenta sem sucesso destruir a armadura especial do inimigo e ainda acaba sendo derrotado e imobilizado após ser atingido pôr um raio paralisante. Zero ao ver que X não tinha condições de vencer Vile, resolve se sacrificar numa violenta explosão que acabou com a armadura do inimigo. Misteriosamente, X acaba se livrando do raio paralisante e ainda destrói Vile. Zero (que perdeu as pernas na explosão) antes de morrer pede a Mega Man X que destrua Sigma de uma vez pôr todas e acabe com a guerra das máquinas. O confronto entre Mega Man X e Sigma é terrível mas o herói vence o inimigo, mas a cabeça de Sigma se une a uma terrível máquina e assim os dois tem mais uma terrível luta... Mesmo assim X se supera e destrói Sigma novamente, mas o vilão diz que a guerra não acabou e que aquilo era só um corpo temporário... Exausto devido a batalha, Mega Man X volta para o QG dos Maverick – Hunters  e acaba tendo lembranças de sua jornada e seus principais inimigos. Mas mesmo assim não entendeu o maior motivo de sua existência e se haveria um outro meio a não ser a luta...