Mega Man X2: Mega Man X se torna líder dos Maverick – Hunters, seis meses após a morte de Vile, Sigma e Zero. O Dr. Cain faz um alerta sobre uma suposta fábrica abandonada que estaria servindo de ultimo ponto de resistência Maverick, mas ao chegar lá descobre que deveriam haver mais outros centros de resistência inimigos. Após completar sua primeira missão, X é observado pôr 3 sombras misteriosas chamados Violen, Serges e Agile. Depois que ele vence os dois primeiros Mavericks, X recebe o chamado do Dr. Cain sobre um grupo chamado X – Hunters (caçadores de X) que  estão com as partes de Zero e pretendem usa-lo para destruir a humanidade. X derrota um a um os X – Hunters e recolhe todas as partes de Zero e mais tarde invade a fortaleza de seus inimigos. Após ter matado Violen, Serges e Agile, X acaba tendo uma surpreendente revelação: Sigma está de volta e era ele que estava pôr  traz dos X – Hunters e o vilão tenta usar um clone de cor escura de Zero, mas o verdadeiro aparece e destrói o impostor. Sigma ainda tenta convencer Zero e diz que ele foi criado para servir os Mavericks mas não obtém sucesso em seu discurso. Sigma foge após ser atacado pôr Zero, depois o ex-líder dos Maverick-Hunters pede desculpas pêlos problemas que X teve ao resgatar suas partes. Ele fala que o Sigma está  escondido na sala do computador central e ainda abre caminho para que um novo combate entre Mega Man X e Sigma se inicie... Na sala do computador central, X consegue vencer Sigma. Mas o vilão mostra sua forma de Vírus e tenta dominar  Mega Man X mas mesmo assim é derrotado... Sigma diz que aquilo não era realmente o fim e não entende pôr que Zero não quer seguir a natureza dada pôr seu criador... e a fortaleza explode completamente... X e Zero voltam para casa  e ainda se preparam para enfrentar mais uma ameaça....