Em Mega Man X5 a humanidade teve seu momento de paz e assim expedições e colônias foram feitas no espaço mas a ameaça dos Mavericks ainda não havia acabado! Sigma e seus Mavericks tomaram conta da estação espacial Eurasia e assim fizeram com que a estação entrasse em uma rota de colisão contra a Terra! Os maverick-hunters X e Zero foram novamente ativados para impedir o plano malígno de Sigma e eles tem apenas 24 horas para reunir partes de uma poderosa arma para destruir a colônia espacial e prevenir que o pior aconteça! X5 trouxe novos personagens como Alia (uma reploid feminina que dá dicas durante as fases), Signas (um novo líder dos Maverick-Hunters), Douglas (uma espécie de reploid engenheiro) e Life-Shaver (um reploid enfermeiro)