3 semanas se passam após o evento da colônia espacial Eurazia que resultou no sacrifício final de Zero... X é alertado pôr Alia sobre um estranho reploid gigantesco que entrou em mal funcionamento e agora está causando problemas. Após X derrotar o Maverick um misterioso reploid aparece e destrói o gigante encrenqueiro já abatido e para a surpresa de muitos este reploid se parecia muito com Zero. Depois X fica sabendo da existência de um grupo misterioso chamado "Nightmare Investigators" liderados por Izac que culpam Zero pela existência dos Mavericks mesmo depois deste ter lutado até o fim para proteger a humanidade e os reploids durante o incidente da colônia espacial... Suspeitando que o movimento Maverick havia voltado X parte para as áreas ocupadas pelos "Nightmare Investigators" e descobre pistas sobre o paradeiro de Zero... e também pistas sobre um novo e poderoso inimigo denominado Gate!