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Em Mega Man X5 as cenas em anime foram cortadas e o jogo ficou um tanto reciclado o que não agradou muito os fãs. Agora X e Zero agora se abaixam, além de se grudarem em cabos especiais para aumentar o desafio e os tiros dos personagens não atravessam paredes como antigamente e ainda é possível jogar com X e Zero na mesma jogada além de poder começar a jogar o jogo com a armadura de Mega Man X4 e também conseguir 2 armaduras novas (Falcom capaz de voar e Gaia que possui uma resistência descomunal a ponto de fazer Mega Man X andar nos espinhos sem sofrer danos). E o jogo também trouxe vários finais dependendo do jeito que o jogador termina o jogo. Curiosidade: Em X5 é possível enfrentar Mega Man X ou Zero na Fase 3 do Sigma Stage. Confuso? Isso depende do personagem escolhido para desafiar essa fase. Nota: Na versão americana as vozes originais foram mantidas (pelo fato de não haver mais cenas em anime) mas as músicas Monkey e Mizu No Naka da banda Mosquito Milk foram removidas e também substituídas por adaptações instrumentais horríveis... As armaduras Ultimate de X e Black Armor de Zero agora podem ser conseguidas através de códigos especiais ou encontrando-as na terceira fase do Sigma podendo adquiri-las através de uma sala secreta.