Na minha opinião Mega Man X6 foi certamente o melhor e mais difícil jogo da série Mega Man X. Muitos fãs da série estavam cansados de jogar jogos da série X que fossem fáceis e é lógico que a Capcom aumentou o desafio de Mega Man X6 para agradar os fãs. X pode usar a espada de Zero (porem há muitas limitações como o fato de Mega Man X ter apenas um ataque horizontal com a espada e não pode usa-la quando abaixado) mesmo após ele ter encontrado e recrutado Zero para lutarem juntos em nome da humanidade e dos reploids.

E as armaduras? X começa o jogo com a Falcom Armor de X5 (com muitas limitações como o fato de não poder voar) e pode pegar duas armaduras novas como Blade (que dá mais atenção para a espada além de ter um ótimo tiro carregado e dar a corrida aéria em três diferentes direções sendo uma corrida um tanto lenta) e Shadow (em que X parece um ninja com direito a uma espada melhor do que a Blade podendo até se pendurar no teto. E assim como a Gaia de X5 é possível andar nos espinhos sem sofrer danos mas em compensação X não pode usar as outras armas além de não poder usar a corrida aérea.

Agora os reploids capturados pelos inimigos podem se tornar Mavericks caso sejam infectados pelo Nightmare Vírus (um novo tipo de vírus que parece um Maverick imcompleto capas de atravessar paredes feito um fantasma). As fases possuem caminhos (teleportadores) especiais para enfrentar 3 chefes diferentes como Nightmare Zero (o mesmo da primeira faze), High-Max (o primeiro "Nightmare Investigator" que X enfrenta após a aparição do Nightmare Zero) e Dynamo (o mesmo de X5 só que está usando uns truques novos além de estar interessado nos Nightmare Souls por um motivo especial). Curiosidade: Na versão americana os diálogos originais foram mantidos com uma legenda indicando as falas durante as cenas especiais. E finalmente a Capcom manteve as músicas de finalização em japonês (sendo elas as músicas Moolight~The Awencer e I.D.E.A).